船橋市保健所独自のE484K変異（南アフリカ株・ブラジル株など）検査の開始について。

2021年5月20日 2021年5月22日

asakura

2021年5月20日　日本分子生物学会会員・船橋市議　朝倉幹晴

船橋市保健所より、下記のように市独自にE484K変異株のPCR検査を実施するとの報告をいただきました。

2月24日と3月18日の市議会において、私は、国立感染研「感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の新規変異株について」を示しながら、市保健所・市長に実施を質疑したものです。実施に踏み切ったことを歓迎し、検査状況を見守り報告していきたいと思います。

●2月24日朝倉幹晴質疑録画中継（変異株質疑は7分50秒～20分20秒、12分30秒）

●3月18日、予算決算委員会で松戸市長に重なて要請・市長答弁録画中継（1：27：00～1:32:25の5分25秒）

【船橋市保健所PCR装置】

【変異部分の塩基の変化・アミノ酸の変化】

★変異株に関する船橋市保健所での検査能力と、国立感染研・千葉県衛生研究所との協力体制に関して（朝倉解説）
新型コロナウイルスは様々な変異を繰り返しています。特に感染・伝播性の増加が危惧され、世界的に増加してるのが、イギリス株、南アフリカ株、ブラジル株です。３つの株とも、ウイルスがヒトの細胞に付着し侵入するための突起タンパク（Sタンパク、spike protein)）のヒト細胞の受容体と結合する部位RBD（受容体結合部位、receptor binding domein)の変異などで感染・伝播性が増しています。３型ともスパイクタンパク質を構成する501番目のアミノ酸がN（アスパラギン）からY（チロシン）に変異するN501Y変異を持っています。南アフリカ株、ブラジル株はこれに加えて484番目のアミノ酸がE（グルタミン酸）からK（リシン）に変わるE484K変異を持ちます（イギリス株はもたない）。
まとめると　イギリス株　N501Y変異　　南アフリカ株　N501Y変異＋E484K変異　ブラジル株　N501Y変異＋E484K変異
（他にも変異箇所がありますが、最も代表的な２か所のみを取り上げての説明です）

したがって、N501Y変異がわかれば、3型のどれかであることまではわかります。PCR装置での検出の試薬を変えることでN501Y変異を検出する方法を国立感染研が開発していました。3月時点では船橋市保健所では採用されていませんでしたが、3月議会で私が強く質疑・要求し、4月12日から船橋市保健所での検査が実施され、本日（4月21日）累積13人の陽性者が報告されたものです。更にE484K変異がわかれば、イギリス株ではなく、南アフリカ株・ブラジル株のいずれかであることがわかります。

更に3型のどれかを特定するためには、Sタンパクを指定するウイルスのＲＮＡの塩基配列を解析しなければなりません。その機器（次世代シークセンサー・塩基配列解読装置）は船橋市保健所にはなく、陽性と確定された検体は、国立感染研か千葉県衛生研究所に送られ分析し確定されます。
しかしながら、3型のいずれかであることを（国立感染研か千葉県衛生研究所にある次世代シークエンサーでの分析の前に）、船橋市保健所で、迅速に把握・発表することは対策を早めることに有効です。
なお、衛生、感染防御の対処法は、これまでと同様（マスク着用、密を避ける、手洗いうがい、会食（前後）にマスクをはずした会話を避ける）です。
（また、ワクチンの効果が変異株に関してどうなるのかは現在様々検証がなされていますので、結論的なことは言えませんが、「まったく効果がなくなる」ということまではないと見られています）

【参考】船橋市保健所での検査にいたった経緯は１～３、変異株の詳しい解説４

1、2月24日朝倉幹晴質疑録画中継（変異株質疑は7分50秒～20分20秒、12分30秒）
2、3月18日、予算決算委員会で松戸市長に重ねて要請・市長答弁録画中継（1：27：00～1:32:25の5分25秒）
３、船橋市、変異株に関する検査スタート】（3月25日保健所理事から報告←2月24日・3月18日市議会質疑で強く要請）
4、動画「イギリス・南アフリカで発生したウイルス変異型の基礎知識」（37分）（2021年1月10日20時時点）