コロナウイルス修飾ウリジンRNAワクチン（SARS-CoV-2）（コミナテイ筋注）（トジナメラン・BNT162b2）の4284塩基配列とウイルスSタンパク質ｍRNA塩基配列・翻訳1273アミノ酸配列（フレーム付き・暫定公開）

2021年3月4日 2021年10月23日

asakura

2021年3月４日（木）　予備校生物科講師・分子生物学会会員・船橋市議　朝倉幹晴
（7月27日加筆　δ株　L452R変異、E484Q変異加筆）

2月14日に特例承認され、これから日本人の多くが接種することになる可能性があるファイザー製の「コロナウイルス修飾ウリジンRNAワクチン」（コミナティ筋注・トジナメラン　BNT162b2）の塩基配列（4284塩基）情報は、厚生労働省に提出された文書等に明記・公開されています。

★厚生労働省での審議結果報告書

また、その開発のもととなったSARS-CoV-2の突起タンパク質（Sタンパク質）を指定する塩基配列情報も公開されています。しかし、その両者の間の同義置換（同じアミノ酸を指定する置換）の対応表については、どうしても見つけることができませんでした。そこで、がんばって対応表を作成しましたので、ご活用ください。
2月27日に作成したものを、1行30塩基ごとに書き換え、コドンの読み枠も明記する形に改訂しました。
「暫定公開」としたのは、本当はこの表の読み方をきちんとワクチンを受ける可能性のある誰でもが理解できるように解説しなおしたいと思っているからです。しかし、この表の作成自体に１週間余を要しているので、さらにわかりやすいように解説するの更に準備が必要です。

10月23日加筆。ある程度解説を述べた動画を作りましたのでご覧いただければ幸いです。
【祝　ラスカー賞受賞】カリコ博士・ワイスマン博士のRNA修飾の研究（mRNAワクチン開発の要）の解説動画（34分）

　それでも、この表については、私自身が求めていたように、はやめに必要とされる方もおられるとおもいますので、暫定公開します。

★9月16日加筆　船橋市議としての日々の船橋の感染状況、変異株状況などの発信に忙しく、配列や塩基置換そのものの解説動画はまだできていません。ただ変異株（デルタ株）に関連して、細胞侵入のプロセスを解説した部分を含む動画（以下）は作成していますので、ご参考にください。
解説動画（32分）「デルタ株（δ株）・変異株とは何か？」ほかウイルス・遺伝子・ワクチン関係動画

★１行目　「コロナウイルス修飾ウリジンRNAワクチン」
このｍＲＮＡワクチンでは、ウイルスのmRNAのU（ウリジン）部分をすべてm1Ψ（1メチルーシュードウリジン）に置き換えています。置き換えても翻訳の際にはUと同様に読まれます（コドンに相補的な塩基対のアンチコドンを持ったtRNAが結合します）。Y（厚生労働省表記）がそれを示します。
そして、青部分がSARS-CoV-2との同義置換部分です。ただし、２か所だけ非同義置換があります。それはオレンジで表記しました。

★2行目　SARS-CoV-2、Sタンパク質ｍRNA（Cap構造、５´非翻訳領域、３´非翻訳領域、ポリＡテールを含む）
★３行目　注射された人体の細胞質内で合成されるタンパク質のアミノ酸配列（ウイルスのＳタンパク質のアミノ酸配列と上記２か所非同義置換以外は同じ）　（代表的な変異株において変異しているアミノ酸を赤字で付記しました。）

アミノ酸１文字表記　F：フェニルアラニン（Phe)　L：ロイシン（Leu) Ｉ：イソロイシン（Ｉle)　Ｍ:メチオニン（Met)                                              V：バリン（Val) 　S：セリン（Ser) Ｐ:プロリン（Pro)   T：トレオニン（Thr) 　Ａ：アラニン（Ala)
Y：チロシン（Tyr) H：ヒスチジン（His)   Q：グルタミン（Gln) Ｎ：アスパラギン（Asn)
Ｋ:リシン（Lys) D：アスパラギン酸（Asp) E:グルタミン酸（Glu) Ｃ:システイン（Ｃys)
W:トリプトファン（Trp) Ｒ：アルギニン（Arg)   G：グリシン（Gly)

★3月16日加筆

★3月7日加筆
このワクチンでは塩基に関し、A,U（水素結合2か所）→GC（水素結合３か所）への転換が意図的に行われています。青字の部分を見るとそれがよくわかります。そのことで、ヒト細胞内でのタンパク質の合成量を増加させる設計のようです。全箇所を水素結合箇所の転換に注目して分析した表を加筆しました。

この置換の背景には、京都大学グループの以下の研究で述べられている技術の応用があるようです。
コドン3塩基目の変化（AT3、GC３）と翻訳効率